Ces questionnements déjà particulièrement difficiles se complexifient encore avec l’irruption de la modernité et la construction d’autorités étatiques ne se réclamant plus d’une religion particulière et ne fondant plus (ou non exclusivement) leurs législations sur les préconisations des autorités religieuses. De puissants conflits de magistère opposent les tenants du droit religieux aux défenseurs des droits de l’homme. Les situations restent très contrastées des deux côtés de la Méditerranée. Alors qu’il reste difficile voire impossible pour les citoyens des États majoritairement musulmans de changer de religion ou de professer l’athéisme, en Europe ce n’est plus tellement la liberté du non-croyant ou de la minorité religieuse qui pose question mais celle du confessant qui attend que ses convictions et sa liberté de religion – professer, porter des signes religieux distinctifs, se nourrir selon les prescrits religieux… – ne soient pas bridées par la loi.